O sistema de missões foi criado para que a evolução dentro do RPG seja facilitada. 

O jogador, quando desejar, pode interpretar uma missão sozinho, sem que seja necessária a supervisão de um ADM, sempre levando em conta a sua graduação e o nível da missão.

A missão deve durar no mínimo trinta (30) minutos e deve-se manter o senso durante toda a missão.

Após concluída, deve-se printar (Tirar fotos) do histórico e envia-las via bate-papo pela nossa página no Facebook (Universo Naruto), então, será atribuído uma quantia de Ryõ's ao seu banco de dados de acordo com a qualidade da missão executada.

 

 

Nível D:
Missões atribuídas a gennins que acabaram de se formar na Academia. Nível de dificuldade mínimo, servem apenas para adaptar o ninja às missões, assim recebendo outras melhores no futuro. Geralmente são missões para resgatar animais, limpar canteiros, recolher lixos e etc. É valido lembrar que nenhuma missão de Nível D tem batalhas, no máximo exercícios corporais.
Ex.: Logo na primeira temporada ocorrem missões de Nível D, quando Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha e Sakura Haruno, acabam de se formar como Gennins, a primeira delas, é a missão de captura à um gato perdido na mata. Em outra ocasião também aparece o time dos gennins despoluindo um rio de Konoha .
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Nível C:
Missões atribuídas a gennins ou chuunins, a maioria das missões são realizadas neste nível. Dificuldade média. Geralmente missões em que se acompanham pessoas importantes para o destino delas, estas missões ajudam muito no desenvolvimento e percepção dos ninjas.
Ex.: Logo na primeira temporada do anime, Sarutobi, convoca o time 7 de Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha e Sakura Haruno juntos com Kakashi Hatake, à uma missão com a finalidade de acompanhar e proteger um construtor de pontes, com o nome Tezuna, até seu pais natal, o Pais das Ondas.. A maioria das missões de Nível C ocorrem na temporada Filler de Naruto.

 

Nível B:
Missões atribuídas a chuunins ou jounnin. O nível de dificuldade destas missões é alto e sempre envolvem combate com outros ninjas de níveis médio/baixo, missões de espionagem e assassinato de ninjas.

Ex.: Na temporada Filler do anime, Naruto Uzumaki, Shino Aburame, Ino Yamanaka e a Jounnin Anko Mitarashi, vão a uma ilha a procura de informações sobre Orochimaru, e obviamente Sasuke Uchiha, que por fim, acabam voltando para Konoha sem muitas informações .

 

Nível A:
Missões atribuídas a jounnins, ANBUs ou até mesmo ao kage da vila. Todas as missões de Nível A apresentam dificuldades muito altas, na qual geralmente envolvem captura de ninjas foragidos, escolta de pessoas muito importantes e a eliminação de ninjas de alto nível.

Ex.: Logo na primeira temporada, o time 7 de Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha e Sakura Haruno, percebem que a missão que supostamente seria de Nível C se transforma numa missão de Nível A. Estão na escolta de Tezuna ao país das ondas, quando Zabuza, um shinobi de nível Jounnin aparece para executar Tezuna à comando de Gatou. Por fim a missão é completada com sucesso, os Shinobis de Konoha retornam a vila e Zabuza acaba morrendo junto de Haku, um jovem shinobi que acompanha Zabuza .

 

Nível S:
Missões que envolvem vários Países. Geralmente as missões de Nível S estão relacionadas com as guerras que ocorrem, tendo de ir para outros países ajudar nas lutas. Outras missões que podem ser classificadas como nível S, é o transporte de documentos e artefatos de importância imensuráveis, quando alguém de muita importância é assassinado, ou quando alguma pessoa de gigantesca importância necessita de escolta.

Ex.: Na 6ª Temporada do anime, Jiraya, Naruto Uzumaki e Sakura Haruno, são enviados a uma missão de investigação na vila oculta do som, à procura de informações sobre Orochimaru e Sasuke Uchiha. Missões de investigação sobre ninjas do nível de Orochimaru são consideradas missões de altíssimo risco, ou seja, missões de Nível S.